Entstanden ist der Dümmer in einer eiszeitlichen Talebene, in der die Hunte, vom Wiehengebirge nach Norden fließend, einen Flachsee bildet. Dabei beträgt seine heutige Größe nur einen Bruchteil der Ausdehnung in frühgeschichtlicher Zeit. So nahm der Dümmer vor etwa 9.000 Jahren eine Fläche von bis zu 100.000 Hektar ein. Als Folge klimatischer Veränderungen und zunehmender Verlandung schrumpfte der nur ein bis zwei Meter tiefe See nach und nach bis zu seiner heutigen Größe. Allerdings kam es immer wieder - vor allem im Frühjahr - zu großen Überschwemmungen des Umlandes. Dabei lagerte sich Schlamm auf dem Überschwemmungsgelände ab. Führte die Hunte Hochwasser, dehnte sich auch der See weit über seine Ufer aus. Erst mit der Eindeichung des Dümmers 1953 nahm das ein Ende.